İnşaat Mühendisliği 

• Yapı İşletmesi [YL] - Fen Bilimleri Enstitüsü
• Hidrolik ve Su Kaynakları Mühendisliği [YL] / [DR] - Fen Bilimleri Enstitüsü
• Zemin Mekaniği ve Geoteknik Mühendisliği [YL] / [DR] - Fen Bilimleri Enstitüsü
• Yapı Mühendisliği [YL] / [DR] - Fen Bilimleri Enstitüsü
• Ulaştırma Mühendisliği [YL] / [DR] - Fen Bilimleri Enstitüsü
• Deprem Mühendisliği [YL] / [DR] - Deprem Müh. ve Afet Yönetimi Enstitüsü
• Afet Yönetimi [YL] - Deprem Müh. ve Afet Yönetimi Enstitüsü

Geomatik Mühendisliği

• Geomatik Mühendisliği [YL] / [DR] - Fen Bilimleri Enstitüsü

Çevre Mühendisliği  

• Çevre Biyoteknolojisi [YL] / [DR] - Fen Bilimleri Enstitüsü
• Çevre Bilimleri ve Mühendisliği [YL] / [DR] - Fen Bilimleri Enstitüsü

Disiplinlerarası Lisansüstü Programları

• Uydu İletişim ve Uzaktan Algılama  - Bilişim Enstitüsü
• Kıyı Bilimleri ve Mühendisliği - Fen Bilimleri Enstitüsü
• Coğrafi Bilgi Teknolojileri - Bilişim Enstitüsü